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El Siglo XVI

En pleno siglo XVI se llevó a cabo la construcción de la actual parroquia de San Cipriano que sustituirma a la primitiva iglesia románica. El templo tenía 6 beneficiarios y gozaba de buenas rentas.
A finales de este siglo el condado ribagorzano sufrirá una serie de convulsiones que de alguna manera afectarán a la vida de Calasanz. Felipe II deseaba que le revirtiera el Condado, lo cual era respaldado por los vasallos que estaban enfrentados con su señor don Martín Gurrea y Aragón, duque de Villahermosa. En el año 1554 se decreta la incorporación del Condado a la Corona, a lo que Don Martín interpondrá recurso. Las Cortes de Monzón apoyan al conde, pero Micer Juan de Ager, hijo de Calasanz, se pone al frente de los vasallos rebeldes, siguiendo las consignas secretas del conde de Chinchón. Se hace fuerte en Benabarre, Luzas y Calasanz. Fallece entonces Don Martín y su sucesor Don Fernando decide arrasar los focos de resistencia. Apoyan al conde don Rodrigo de Mur, señor de Lapenilla; los Bardají, señores de Conques, Vilanova y Ramastui, y Gilabert, señor de Albelda. Desde Benasque las tropas del conde van calmando los puntos de resistencia y toman Benabarre, capital del Condado. Juan de Ager muere en el año 1587, es cosido a puñaladas, arrastrado por las calles de Benabarre y decapitado. Las tropas del conde toman por fin Calasanz. Los vencidos pasan a la guerrilla en torno al Turbón.
El Conde convoca Consejo General en enero de 1588 y solo acude un pueblo al lugar de la cita, mientras que los demas lugares, reunidos secretamente en Capella, toman la decisión de atacar Benabarre. Lupercio Latras se pone al frente de los sublevados. Conquistan Benabarre, pero son derrotados en Tolva. Interviene entonces el gobernador de Aragón, don Juan de Gurrea, con 3.000 hombres al mando de Alfonso Cerdán, que llega sin resistencia a Benabarre, toma el castillo y da muerte a todos sus ocupantes. En el día 6 de marzo de 1596 don Ramón Cerdán de Escatrón toma posesión para el monarca del condado de Ribagorza.
A partir de este momento Calasanz dejará perder su valor como punto estratégico y gozará de un período amplio de paz, aunque otros problemas afectarán a la localidad. Así en el año 1615 el pueblo de Calasanz acude en romería a la ermita de la Virgen de la Ganza para que les libre de la peste que asola el país.